為適應(yīng)環(huán)保的要求，只用目前常規(guī)配置的旋風(fēng)分離器分離產(chǎn)品、凈化尾氣是不夠的，還可以加用袋式除塵器凈化，使尾氣含塵量低于50毫克/立方納米氣體即可達(dá)標(biāo)；或選用濕式洗滌器，將尾氣含塵量降到15～35毫克/立方納米氣體。小型噴霧干燥機(jī)采用氮?dú)庾鲚d體時(shí)，系統(tǒng)要注意密閉，排氣口要引到室外。

某些藥品的**性對(duì)噴霧干燥設(shè)備的保護(hù)設(shè)計(jì)也會(huì)提出更高的要求。用有機(jī)溶劑溶解的物料，在干燥時(shí)要求整個(gè)系統(tǒng)必須滿足防爆要求，同時(shí)在電機(jī)、儀表、控制閥等配件設(shè)計(jì)時(shí)都要選擇防爆型。另外，為防止溶劑和空氣混合為爆炸氣體，系統(tǒng)必須采用密閉循環(huán)系統(tǒng)，載體要選用惰性氣體，如氮?dú)獾?。除此之外，一些易氧化物料的干燥，也要采用以氮?dú)鉃檩d體的密閉循環(huán)系統(tǒng)。
噴霧干燥的產(chǎn)品為細(xì)粒子，容易形成粉塵。
提高熱利用率是當(dāng)務(wù)之急熱空氣進(jìn)口溫度在并流操作時(shí)為250℃～500℃，逆流操作時(shí)為200℃～300℃，霧化干燥后出口溫度一般控制在60℃～100℃，其熱利用率較低，這也是噴霧干燥的不足之處。
目前國內(nèi)工業(yè)規(guī)模的噴霧干燥機(jī)，熱效率一般為30%～50%。國外帶有廢熱回收的噴霧干燥機(jī)，熱效率可達(dá)到70%，但該設(shè)備只有在生產(chǎn)能力大于100千克（水）/小時(shí)才有經(jīng)濟(jì)意義。不過，在用到氮?dú)廨d體和有機(jī)溶劑時(shí)，采用密閉循環(huán)系統(tǒng)，可使氮?dú)庋h(huán)使用，溶劑冷凝套用，從而可有效地降低了生產(chǎn)成本。
但總的來說，噴霧干燥使用過程中的成本問題還需要設(shè)備設(shè)計(jì)和生產(chǎn)者進(jìn)一步研究，以找到更好的降低成本的對(duì)策。